In occasione della beatificazione dei due piccoli veggenti, Francesco Marto (1908-1919) e la sorella Giacinta (1910-1920), presieduta da Giovanni Paolo ii a Fátima il 13 maggio 2000, il Papa fece annunciare dal cardinale segretario di Stato Angelo Sodano il contenuto del cosiddetto "terzo segreto" di Fátima, cioè della terza parte di un breve testo relativo alle apparizioni mariane del 1917 scritto dalla veggente allora superstite, suor Lucia dos Santos (1907-2005). Le prime due parti riguardano la visione dell'inferno e la devozione al "cuore immacolato" di Maria, connessa alla conversione della Russia, ed erano state rese note già nel 1941. La terza parte, scritta nel 1944, dapprima conservata dal vescovo di Leiria e poi inviata nel 1957 in Vaticano, consiste in una visione dell'uccisione di un Papa, e per volere del Papa è stata resa nota dal cardinale Sodano il 13 maggio 2000 e quindi pubblicata il 26 giugno successivo dalla Congregazione per la dottrina della fede in un testo (Il messaggio di Fátima) che comprende tra l'altro un commento teologico del cardinale Joseph Ratzinger. Devoto della Madonna di Fátima, Giovanni Paolo ii ha, in più occasioni, attribuito alla sua protezione la salvezza durante il grave attentato del 13 maggio 1981 (anniversario della prima apparizione mariana a Fátima) e condiviso l'interpretazione politica, che era stata immediatamente prevalente in ambienti cattolici, del messaggio di Fátima. Secondo questa interpretazione confermata nel 2000, le apparizioni mariane di Fátima e le relative visioni riguardano soprattutto "la lotta del comunismo ateo contro la Chiesa" e le sofferenze delle vittime cadute durante le persecuzioni anticristiane del Novecento. Secondo la teologia cattolica, il messaggio di Fátima costituisce una tra le tante "rivelazioni private" - ben distinte dall'unica "rivelazione pubblica" rappresentata dalla Sacra Scrittura e delle quali non è obbligatorio fare uso - e il suo senso è quello di "mobilitare le forze del cambiamento in bene" dopo un secolo, come il Novecento, caratterizzato da persecuzioni e da guerre.